1604 metais Kėdainiuose buvo 348 namai, gyveno apie 2 800 gyventojų, veikė 104 smuklės: 82 alaus, 21 degtinės ir viena midaus. 1602 metais per Nevėžį pastatytas medinis tiltas sujungė abi miesto pusės. Mediniai tiltai  taip pat buvo pastatyti per Smilgos, Dotnuvėlės ir Obelės upelius. Iš pravažiuojančiųjų per tiltus buvo renkami mokesčiai miesto reikmėms.

XVII a. pradžioje Kėdainiai vėl tapo kunigaikščių Radvilų nuosavybė. 1606 metais miesto savininko Stanislovo Kiškos dukra Ona ištekėjo už Kristupo II Radvilos ir kaip kraitį iš tėvo gavo kairiąją Kėdainių pusę. 1614 metais Kristupas II Radvila iš uošvio nusipirko dešiniąją miesto  pusę. Valdant Kristupui II Radvilai ir jo sūnui Jonušui, Kėdainiai gyveno ūkinį ir kultūrinį pakilimą. Jų valdymo laikotarpis – XVII a. I pusė ir XVII a. vidurys  – laikomas Kėdainių aukso amžiumi. Tuo laiku mieste buvo apie 500 namų, gyveno apie 4 tūkst. gyventojų, buvo 6 turgaus aikštės, 19 gatvių ir 8 skersgatviai. Miesto savininkai ir magistratas rūpinosi, kad mieste būtų statomi mūriniai namai, stogai dengiami čerpėmis arba malksnomis, gatvės grindžiamos ir nuolat tvarkomos. Jonušo Radvilos įsakymu kiekvienas atvykstantis į miestą turėjo atgabenti po akmenį. Prie pagrindinių kelių, vedusių į miestą stovėjo vartai, kuriuos naktimis saugojo iš miestiečių sudarytos sargybos, o atvykusieji buvo registruojami. Visi miestiečiai privalėjo dalyvauti piniginėse rinkliavose, karinėse pratybose ir eisenose. Mieste veikė 10 amatininkų cechų, kuriems priklausė apie 300 amatininkų: siuvėjų, puodžių, odminių, kalvių, audėjų, batsiuvių, dailidžių, gyvulių skerdėjų.