Kėdainių rajone įsteigti 26 savivaldybės draustiniai, kuriuose saugomi unikalūs kraštovaizdžiai, retieji augalai ir gyvūnai, taip pat kultūros paveldo vertybės. Draustiniai apima beveik visas vertingas natūralias rajono teritorijas.

Beveik visi savivaldybės draustiniai pasižymi retųjų augalų gausa ir įvairove. Daugelyje draustinių auga baltijinės gegūnės, kai kuriuose iš jų – vyriškosios, mažosios ir šalmuotosios gegužraibės, dėmėtosios ir Rusovo gegūnės, tamsialapiai skiautalūpiai, pieviniai plaurečiai, paprastieji kardeliai, meškiniai česnakai, totorinės maludės, melsvieji gencijonai, miškinės dirsės.

Daugelyje savivaldybės draustinių aptinkama retųjų drugių. Drugiams svarbiausi Smilgos kraštovaizdžio, Barupės hidrografinis, Lankesos botaninis, Vozbučių ir Pavikšrupio botaniniai-zoologiniai, Runeikių miško telmologinis draustiniai. Iš šiuose draustiniuose aptinkamų retų drugių reikia paminėti juoduosius apolonus, machaonus, kraujalakinius melsvius, rudakius satyriukus, pietines hesperijas, ratuotuosius pelėdgalvius, nendrinius verpikus. Sename Ilgatrakio miško botaninio-zoologinio draustinio ąžuolyne gyvena reti vabalai – niūriaspalviai auksavabaliai ir didieji skydvabaliai.

Paukščių apsaugai rajone įsteigti trys ornitologiniai draustiniai. Baublio ir Lendrynės ornitologiniuose draustiniuose peri didieji baubliai, švygždos bei kai kurie kiti reti vandens ir pelkių paukščiai. Skaistės ornitologiniame draustinyje peri gervės, baltanugariai geniai. Ornitologinėmis vertybėmis iš kitų savivaldybės draustinių išsiskiria ir Barupės hidrografinis, Runeikių miško telmologinis, Pašilėlių botaninis-zoologinis, Gaisų botaninis draustiniai. Šiuose draustiniuose gyvena mažieji ereliai rėksniai, juodieji gandrai, gervės, tetervinai, griežlės, putpelės. Daugelyje draustinių, per kuriuos teka upės, peri tulžiai, pakrantėse gyvena ūdros. Dotnuvos–Josvainių, Labūnavos, Lančiūnavos miškai labai pamėgti retųjų miško paukščių. Šiuose miškuose peri daug juodųjų gandrų, mažųjų erelių rėksnių, gervių, baltanugarių ir vidutiniųjų genių.