Vidurio Lietuvos žemumoje esančio Kėdainių rajono plotas 167 700 ha. Didžioji rajono dalis išsidėsčiusi Nevėžio, rajoną skiriančio į dvi dalis, žemumoje, o vakarinė rajono dalis siekia Žemaičių plynaukštės pakraštį. Kėdainių rajonas nuo seno garsėja derlingomis žemėmis.
Žemės ūkio naudmenos užima 109 275 ha (65,16%). Esamas miškų plotas – 40 500 ha. Rajono miškingumas – 24,20 %. Miškai beveik tolygiai išsidėstę visame rajone. Anksčiau augusius ąžuolynus ir mišrius plačialapių lapuočių bei eglių medynus pakeitė antrinės kilmės medynai. Dabar vyrauja beržynai, eglynai bei mišrūs miškai. Yra uosių, ąžuolų medynų, o pietvakarinės rajono dalies miškuose auga skroblai. Čia jų šiaurinė arealo riba. Didžiausi Dotnuvos, Josvainių, Pernaravos miškai.
Vandenys užima 2,5 % rajono teritorijos. Ežerų mažai, tik keletas, kiek daugiau yra tvenkinių. Per rajoną teka Nevėžis ir jo intakas Šušvė.
Pelkių praktiškai nėra, jos užima tik apie 0,6 %. Didžioji dalis (daugiau kaip 70 %) rajono žemių nusausintos. Visoje rajono teritorijoje išsibarstę nedideli žemapelkių ploteliai, o aukštapelkių ir tarpinio tipo pelkių likučiai plyti tik šiaurrytinėje rajono dalyje.
Žemės ūkio naudmenos užima kiek daugiau kaip 65 % rajono ploto. Didžiojoje rajono dalyje plyti sukultūrintos lygumos. Vyrauja melioruoti laukai be natūralių gamtinių bendrijų.
Natūralios pievos išliko upių ir upelių slėniuose. Prie Nevėžio ir Šušvės upių yra užliejamų salpinių bei šlaitinių pievų, kur auga retų augalų rūšių bei gyvena retų gyvūnų.
Retieji augalai ir grybai Kėdainių rajone
Lietuvos raudonosios knygos gyvūnai Kėdainių rajone