Įvairiatautis ir daugiakonfesinis miestas

1627 metų rugpjūčio 24 d. Kristupas II Radvila patvirtino senąsias Kėdainių miesto teises ir suteikė naują herbą. Jame kunigaikštis pavaizdavo dviejų miestą valdžiusių giminių – Radvilų ir Kiškų – heraldinių figūrų simbolius: auksiniame lauke juodą Radvilų erelio sparną su koja, laikančią žydrame lauke plieninę Kiškų pasagą su trimis auksiniais kryžiais. Tais pačiais metais kunigaikštis suteikė teisę Kėdainiuose kurtis atvykėliams ir leido jiems, nepraradus užgyvento turto, laisvai iš miesto išvykti. Mieste apsigyveno žydų, emigrantų iš Vokietijos ir Škotijos.
Žydai įsikūrė šiauriniame miesto pakraštyje, prie Senosios rinkos turgaus aikštės. Jų religinė bendruomenė, vadinama kanalu, buvo viena didžiausių Žemaitijoje. Kėdainiuose gyveno „gero elgesio ir padorūs žydai”, kurie vertėsi amatininkyste, pinigų skolinimu, smulkia prekyba ir degtinės gamyba. Žydų amatininkai buvo susibūrę į atskirą cechą, kuriam kunigaikštis patvirtino specialius nuostatus. Kėdainių žydai garsėjo kaip geri audėjai, kurie šį amatą savo rankose išlaikė iki pat XIX a. Žydai priklausė ne miesto, o dvaro jurisdikcijai, buvo globojami miesto savininkų, todėl už kitus Lietuvoje gyvenusius žydus jautėsi pranašesni ir didžiuodamiesi pabrėždavo, kad jie yra „ich bin Keidaner” (liet. – esu kėdainietis).
Evangelikai liuteronai, greičiausiai atvykėliai iš Saksonijos ir Prūsijos, apsigyveno vakariniame miesto pakraštyje. Juos Kristupas II Radvila dešimčiai metų atleido nuo mokesčių. Po penkerių metų naujame rajone, pavadintame Jonušava, apsigyveno tiek atvykėlių šeimų, kad 1648 m. Lietuvos valdovas Vladislovas Vaza patvirtino teisę Jonušavoje rengti turgus, turėti savo burmistrą ir suteikė atskirą nuo Kėdainių herbą: žydrame lauke inicialas „I”, o virš jo geltoname plote raudona kunigaikščio kepurė. Suteikus Jonušavai savivaldą, Kėdainiuose pradėjo gyvuoti dvi juridiškai įteisintos bendruomenės - Senųjų Kėdainių, kurių pagrindą sudarė evangelikai reformatai, ir Jonušavos, vadinamųjų Naujųjų Kėdainių, kuriuose gyveno evangelikai liuteronai. Lietuvos miestų istorijoje tai buvo antras atvejis, kai viename mieste gyvavo dvi juridiškai įteisintos bendruomenės. Be Kėdainių, dvi juridiškai įteisintos krikščionių ir karaimų bendruomenės gyveno Trakuose.
Rusų stačiatikiai įsikūrė pietinėje Kėdainių dalyje, prie Knypavos turgavietės. Jiems Jonušas Radvila, vykdydamas žmonos, stačiatikės Marijos Lupul, norą, 1652 metais pastatė medinę cerkvę ir vienuolyną. Vienuolių nedideliame ir nuolat skurstančiame vienuolyne gyveno tik keli, todėl jie konfesiniam ir visuomeniniam miesto gyvenimui didesnio poveikio nedarė.
Evangelikai reformatai, kurių didelę dalį sudarė imigrantai škotai, įsikūrė centrinėje miesto dalyje, prie Didžiosios Rinkos aikštės. Jų sklypai grupavosi prie turgaus aikštės ir prie Pilies gatvės (dabartinės Didžiosios g.). Škotų namai iš kitų miestiečių namų išsiskyrė didžiu ir puošnumu: buvo mūriniai, dviejų aukštų, L ir U raidės formų, su stačiais dvišlaičiais stogais, dengtais čerpėmis. Pirmuosiuose namų aukštuose veikė krautuvės ir smuklės, antruosiuose aukštuose buvo įrengtos gyvenamosios patalpos, o rūsiuose po namais sandėliuojamos prekės. Būdingas škotų namų bruožas – skliautuotos pirmųjų aukštų perdangos ir medinės galerijos kiemuose.
Kairiojoje miesto pusėje, vadinamoje Užnevėžiu, gyveno lietuviai ir sulenkėję lietuviai katalikai.