Miestą valdė miestiečių renkamas magistratas, kurį sudarė 18 asmenų: vaitas, 3 burmistrai, 4 teismo tarėjai, raštininkas, 5 suolininkai, iždininkas, iždo raštininkas, antstolis ir cechų dekanas. Magistrato nariais galėjo būti visų tikybų ir tautybių miestiečiai, kuriais Kėdainiuose buvo tampama tik prisiekus savininkams ir magistratui.

Kunigaikščiai Radvilos rūpinosi socialinėmis miestiečių reikmėmis, vargingiems gyventojams statė  špitoles, našlaičiams namus, o paliegusiems ligonines. 1636 m. Kėdainiuose įsikūrė viena pirmųjų vaistinių Lietuvoje.

Skirtingų religinių konfesijų miestiečius saugojo 1627 metais pasirašytas taikaus sambūvio susitarimas, kurį pasirašę Kristupas II Radvila ir Vilniaus vyskupas Eustachijus Valavičius pripažino evangelikų reformatų ir katalikų tikybų lygiateisiškumą. Šiuo susitarimu katalikams buvo grąžinta Šv. Jurgio bažnyčia, kurioje nuo 1549 metų iki 1627 metų šeimininkavo evangelikai reformatai. Nepaisant šio fakto ir Lietuvoje stiprėjančios kontrreformacijos, savo valdose reformatai Radvilos vadovavosi principu „cuius regio, eius religio” (liet. - kieno valdžia, to ir religija).