Kunigas, humanistas, kontrreformacijos veikėjas, vienas lietuvių raštijos kūrėjų, vertėjas. Švietėjas, humanistinių idėjų reiškėjas, didžiausias kovotojas dėl gimtosios kalbos teisių XVI a.
Gimė pie 1527–1538 m. Kėdainiuose, Babėnuose, mirė 1613 02 16 Varniuose Telšių r.
Spėjama, kad mokėsi viename iš Vakarų Europos universitetų. Buvo Krakių klebonas (1570–1572 m.), Žemaičių kapitulos kanauninkas (1572–1585 m.) bei oficiolas (1585–1592 m.). Nuo 1592 m. kunigavo Betygaloje. Žemaičių vyskupijos administratorius (1609–1610 m.). Mokėjo kelias kalbas, turėjo biblioteką, skelbė kontrreformacijos ir renesansinio humanizmo idėjas. Kovojo dėl Lietuvos valstybinio savarankiškumo po Liublino unijos pasirašymo.
Kai Tarkvinijus Pekulas, įgaliotas popiežiaus Grigaliaus XIII, 1579 m. vizitavo Žemaitijos vyskupiją, Krakėse esančioje M. Daukšos bibliotekoje rado tris knygas, kurios katalikams buvo nepriimtinos, – tai buvo dvi graikų kalbos gramatikos, populiarios liuteroniškuose kraštuose, ir „Adagia“ – Europos humanisto Erazmo Roterdamiečio Antikos autorių kūrybos ištraukų rinktinė.
Vilniuje iš lenkų kalbos išvertė J. Ledesmos katekizmą, parašė jo pratarmę. Tai – pirmoji LDK parengta ir 1595 m. išleista lietuviška knyga – „Katekizmas“ („Katekizmas, arba mokslas, kiekvienam krikščioniui privalus“). Jos egzempliorius saugomas VU bibliotekoje.
M. Daukšos kūriniai pasižymi savitu stiliumi, turtinga kalba, juose pradėti vartoti lietuviški naujadarai (mokytojas, valia, įkvėpimas, išmintis ir kiti).
Dar iki „Katekizmo“ parengė ir 1599 m. išleido J. Wujeko postilės („Postilla Catholica“) vertimą. „Postilėje“ parašė lenkišką pratarmę, kurioje kreipėsi į Lietuvos visuomenę, skatindamas kurti raštiją lietuvių kalbai. Pratarmėje reiškiama naujųjų laikų tautos suverenumo samprata, aukštinama gimtoji kalba, pabrėžiama jos svarba tautai ir valstybe.
Įsteigė Krakėse parapinę mokyklą. Toje vietoje, kur stovėjo senoji medinė Krakių bažnyčia, 1979 m. pastatytas paminklas (aut J. Meškuotis). Kėdainiuose, Babėnuose, auga Mikalojaus Daukšos ąžuolas. 1988 metais pavasarį, Kėdainių kraštiečių šventės „Būkite sugrįžtančiais paukščiais“ metu, prie Kėdainių 4-osios vidurinės mokyklos buvo pastatytas ąžuolinė M. Daukšos skulptūra (aut. A. Urbšys), mokykla pavadinta M. Daukšos vardu.
1995 m. Kėdainių rajono tarybos sprendimu Mikalojaus Daukšos vardas suteikimo centrinei Kėdainių bibliotekai.
Varniuose 1995 m. pastatyta M. Daukšai skirta skulptūra. Paminklo centre – kolona, simbolizuojanti XVI amžiuje vykusį Lietuvos kultūros, taip pat ir lietuvių kalbos renesansą, kuris padėjo išlikti lietuvių tautai. Prie šios kolonos stovi dviejų iškilių to laikotarpio Žemaitijoje dirbusių asmenybių – Mikalojaus Daukšos ir Merkelio Giedraičio – skulptūros (autorius Arūnas Sakalauskas).
2019 m. Kėdainiuose buvo įsteigtas Lietuvių kalbos draugijos Kėdainių Mikalojaus Daukšos skyrius.
2020 m. Krakių miestelio centre pastatyta kraštiečio menininko Vytauto Ulevičiaus sumeistrauta skulptūra „Krakėms – 600“. Priekinėje skulptūros pusėje, viršuje, yra pavaizduotas Krakių herbas, o apačioje – Mikalojus Daukša bei įrašas, kad Krakėms sukanka 600 metų.
